Η προγεστερόνη παίζει σημαντικό ρόλο στον εμμηνορροϊκό κύκλο και στους πρώτους μήνες της εγκυμοσύνης.

 Κατά την περίοδο της ωορηξίας (περίπου 14η ημέρα του κύκλου) τα επίπεδα προγεστερόνης αυξάνονται. Η προγεστερόνη προετοιμάζει το σώμα για εγκυμοσύνη σε περίπτωση γονιμοποίησης του απελευθερωμένου ωαρίου. Εάν το ωάριο δεν γονιμοποιηθεί, το ωχρό σώμα αποβάλλεται και η παραγωγή προγεστερόνης πέφτει και αρχίζει ένας νέος εμμηνορροϊκός κύκλος.Εάν το ωάριο γονιμοποιηθεί, η προγεστερόνη παίζει πολύ σημαντικό ρόλο μέσα από διάφορες διεργασίες στις οποίες συμμετέχει ενεργά για την διατήρηση του εμβρύου ,τη δημιουργία του πλακούντα και την ανάπτυξη του εμβρύου.

Η προγεστερόνη παράγεται επίσης σε μικρότερες ποσότητες από τις ίδιες τις ωοθήκες, τα επινεφρίδια και κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης στον πλακούντα.

Τα υψηλά επίπεδα προγεστερόνης συνδέονται με την κατάσταση της συγγενούς υπερπλασίας των επινεφριδίων. Ωστόσο, τα υψηλά επίπεδα προγεστερόνης είναι συνέπεια και όχι αιτία αυτής της κατάστασης. Επίσης, υψηλά επίπεδα προγεστερόνης συνδέονται με αυξημένο κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου του μαστού.

Η προγεστερόνη, είτε μόνη της είτε σε συνδυασμό με οιστρογόνα, λαμβάνεται από τις γυναίκες ως  αντισυλληπτικό χάπι σχεδόν 100% αποτελεσματικό στην πρόληψη της εγκυμοσύνης.Επίσης, η προγεστερόνη χρησιμοποιείται στη θεραπεία υποκατάστασης ορμονών για την ανακούφιση των συμπτωμάτων της εμμηνόπαυσης στις γυναίκες. Υπάρχουν πολλά αναγνωρισμένα πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα στη θεραπεία ορμονικής υποκατάστασης.

Αν η προγεστερόνη απουσιάζει ή τα επίπεδα είναι πολύ χαμηλά, μπορεί να εμφανιστεί μεγάλη εμμηνορροϊκή αιμορραγία. Επίσης,μια πτώση της προγεστερόνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης μπορεί να οδηγήσει σε αποβολή . Οι μητέρες που διατρέχουν κίνδυνο να γεννήσουν πολύ σύντομα μπορούν να λάβουν μια συνθετική μορφή προγεστερόνης για να καθυστερήσουν τον τοκετό.

Η έλλειψη προγεστερόνης στην κυκλοφορία του αίματος μπορεί να σημαίνει ότι οι ωοθήκες απέτυχαν να απελευθερώσουν ένα ωάριο στην ωορρηξία, όπως μπορεί να συμβεί σε γυναίκες με Η έλλειψη προγεστερόνης στην κυκλοφορία του αίματος μπορεί να σημαίνει ότι οι ωοθήκες απέτυχαν να απελευθερώσουν ένα ωάριο στην ωορρηξία, όπως μπορεί να συμβεί σε γυναίκες με σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών.